In silico analysis of pathogenicity island and resistance genes carried by different Salmonella Typhimurium strains

Salmonella Typhimurium, dünyada en sık izole edilen serotiplerinden birisidir. Tüm genom analizi gibi yeni moleküler yöntemlerin gelişmesi ile, antibiyotik direnci ve farklı genlerin karşılaştırmalı analizleri daha kolay yapılabilmektedir. Çalışmamızda S. Typhimurium kökenlerine ait genomik verilerin, taşıdıkları patojenite adaları, MLST, seqserotipleri direnç genleri açısından in silico analizini gerçekleştirmeyi amaçladık. Çalışmamıza verileri NCBI’da yer alan 15 kökenini dahil edildi. Kökenlerin birbirleri ile evrimsel olarak yakınlıkları CSI filogeni antimikrobiyal belirteçlerinin varlığı ise ResFinder yazılımı gerçekleştirildi. MLST serotip tespiti için sırasıyla SPIFinder, SeqSero yazılımları kullanıldı. kökeninin birbirlerine %97 üstünde benzerlik gösterdikleri tespit analizlerine göre 9 köken (%60) ST19 bulundu. kökenlerin SPI-1, SPI-2, SPI-3, SPI-4, SPI-5, SPI-9, SPI-12, SPI-13, SPI-14 adalarını gözlenirken, SGI1 adası sadece 3 kökende Aminoglikozid ilişkili aac(6')-Iaa geni tüm kökenlerde saptandı. Yeni nesil dizileme tekniklerinin gelişimi, önemli enfeksiyon etkenlerine epidemiyolojik veriler elde edilmesini sağlamaktadır. Bu verilerin enfeksiyonlarda kullandıkları virülans genlerinin patogenez mekanizmalarının aydınlatılması sağlanabilecektir.